En la gran producción filosófica de Eusebi Colomer, se pueden distinguir tres grandes centros de interés particularmente destacados. En primer lugar, su dedicación al estudio del pensamiento de Ramon Llull y de Nicolás de Cusa. Su tesis doctoral mostró las influencias de Llull en la obra de Nicolás de Cusa a partir de las anotaciones autògrafes en que el joven Nicolás se hacía resonancia de las cosas a las cuales más le interesaban de Llull. El segundo gran centro de interés lo constituyeron, naturalmente, las grandes corrientes de la filosofía alemana moderna y contemporánea. Finalmente, su tercer centro de interés fue el diálogo filosòfico-teològic. Colomer lamentaba profundamente el divorcio producido entre la filosofía y la teología. Adaptando una conocida formulación de Kant, pensaba que la teología sin filosofía es ciega, pero que la filosofía sin teología está vacía. Formado en la tradición metafísica espiritualista y defensor del humanismo cristiano, Colomer se encontraba, sin embargo, a las antípodas de cualquier sectarismo o dogmatismo. Su formación, su talante y, seguramente, sus enormes conocimientos de la historia de la filosofía, le habían conferido una gran capacidad para el diálogo. Él no veía el diálogo como un recurso o como una táctica, sino como un elemento constitutivo del ser humano.